创新研究院实行院长负责制，设院长 1 名，由罗建新副校长兼任；副院长 4 名，肖成龙、李天生(兼职)、胡鸿(兼职)、桑建权（挂职），协助院长开展各项管理工作。研究院下设办公室、实验中心/创新训练中心2个内设机构。办公室由洪悦任主任，承担研究院综合行政、宣传文秘、日常协调等工作；实验中心/创新训练中心由赵洪任主任，负责实验平台运行维护、实验室安全管理、实验室制度等相关工作。